Theo Nghị định số 16/2004/NĐ-CP ngày 9/01/2004 của Thủ tướng Chính phủ về việc điều chỉnh địa giới hành chính mở rộng thị xã Ninh Bình, xã Ninh Phong từ huyện Hoa Lư được sáp nhập vào thị xã Ninh Bình.

Ngày 28/04/2005, Thủ tướng Chính phủ ban hành Nghị định số 58 để điều chỉnh địa giới hành chính các phường, xã và thành lập phường thuộc thị xã Ninh Bình. Theo đó, phường Ninh Phong được thành lập với diện tích tự nhiên 541,19 ha và 7.700 nhân khẩu.

Phường được nhà nước Việt Nam được công nhận danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân ở Ninh Bình.[4]